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PyMOL 简介

PyMOL 是一个开源的分子可视化系统，被广泛应用于结构生物学中。它允许用户可视化分子结构，并创建高质量的蛋白质、核酸和其他大分子的3D图像。多年来，PyMOL不断发展，新版本引入了更多的功能和改进。

PyMOL 3.0 / 3.1 的安装

安装 PyMOL 3.0 或 3.1 非常简单，可以在 Windows、macOS 和 Linux 等各种操作系统上进行。以下是最新版本 PyMOL 的安装步骤。

在 Windows 上安装 PyMOL 3.0 / 3.1

1. 下载安装程序: 访问 PyMOL 网站 并下载 Windows 安装程序。
2. 运行安装程序: 双击下载的文件，按照安装向导进行操作。
3. 完成安装: 安装完成后，可以从开始菜单或桌面快捷方式启动 PyMOL。

这种版本是需要安装许可证的，因此不算开源版。

在 macOS 上安装 PyMOL 3.0 / 3.1

1. 下载安装程序: 访问 PyMOL 网站 并下载 macOS 安装程序。
2. 打开安装程序: 双击下载的 .dmg 文件，将 PyMOL 拖动到应用程序文件夹。
3. 启动 PyMOL: 打开应用程序文件夹，双击 PyMOL 启动应用程序。

这种版本是需要安装许可证的，因此不算开源版。

解法：通过其他方式去安装开源的版本，windows安装开源的版本可以通过Minconda来进行，但是mac并不适用。

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PyMOL 2.6 与 PyMOL 3.1 的对比

1. 用户界面和可用性：

• PyMOL 2.6: 界面功能强大，但设计较旧，对于新用户可能不太直观。
• PyMOL 3.1: 这一版本引入了更为精致和用户友好的界面，提升了可用性，使用户更容易导航和执行任务。

2. 性能提升：

• PyMOL 2.6: 性能稳定，能够满足大多数分子可视化任务的需求。
• PyMOL 3.1: 在渲染速度和整体性能方面有显著提升，特别是在处理大型分子结构时。

3. 新功能：

• PyMOL 2.6: 基本的分子可视化功能，支持插件和脚本。
• PyMOL 3.1: 引入了新的可视化技术，更好地支持现代图形硬件，增强了脚本功能。

4. 支持和更新：

• PyMOL 2.6: 作为旧版本，支持和更新有限。
• PyMOL 3.1: 活跃的支持和频繁的更新，确保与最新的操作系统和硬件兼容。

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结论

安装好后如下：

从 PyMOL 2.6 升级到 PyMOL 3.1 带来了许多改进，包括更好的性能、更直观的界面和新功能，提升了分子可视化体验。PyMOL 3.0 / 3.1 的安装过程在不同操作系统上都很简单，使其在科学社区中得到广泛应用。如果您仍在使用旧版本，强烈建议升级以利用这些增强功能。