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有没有转门做乐器演奏的网站关键词优化心得

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PDB数据库使用

官方地址:https://www.rcsb.org/

首页如下:
在这里插入图片描述
我们以热休克蛋白HSP90AA1为例,其PDB ID7DHG,所以我们在搜索栏输入7DHG
在这里插入图片描述
主要关注红框里的几个地方。

  • Download 下载文件,一般选择PDB Format即可
  • Released 发表时间
  • Method 一般只有X-Ray(X射线)和NMR两种。其中X射线最常见也最好
  • Resolution 分辨率相关的指标,越小说明分辨率越高。一般小于2A就足够好了,具体看论文的指标。

再往下翻,主要看该蛋白有几条链,并且右下角Go to UniProtKB可以直接跳转到UnitProt数据库
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
可以看到,这里该蛋白是有两条链的。

同时,对于一些有小分子的蛋白也最好看看相关信息,这里我展示另一个7A2O示例:
一般要记住这里的ID,在处理蛋白的时候要去除。
在这里插入图片描述

PubChem数据库如果没有3D结构

PubChem数据库如果没有3D结构,只有2D结构的SDF,我们可以下载Chem3D软件,将2D结构的SDF文件导入进去,并且Calculations/MM2/Minimize Energe实现能量最小化。
但是该软件只有windows版本,属于ChemOffice全家桶的一部分,资源比较难找。
推荐直接去其他数据库再找找小分子配体的mol2结构。
然后再通过OpenBabel/mgltools转化为pdbqt的格式。

http://www.hengruixuexiao.com/news/23743.html

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