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在PDB（Protein Data Bank）数据库中，蛋白质结构文件通常以两种主要格式存储：.pdb（PDB格式）和 .cif（CIF格式，Crystallographic Information File）。这两种文件格式记录了蛋白质的三维结构坐标信息以及实验数据，但它们的表达方式和用途有所不同。

1. PDB数据库中的结构文件类型

• .pdb 文件：是最早期的蛋白质结构文件格式，使用简单的文本格式，逐行记录原子的空间坐标和其他实验信息。这种格式在过去几十年中被广泛使用。
• .cif 文件：全称为 mmCIF（macromolecular Crystallographic Information File），是目前推荐的标准格式。与 .pdb 文件相比，mmCIF 格式能够存储更多的详细信息，并且支持更大规模的结构数据。
• .ent 文件的基本信息

在 PDB 数据库中，.ent 文件是蛋白质数据文件的另一种常见格式，它实际上是 PDB 格式（Protein Data Bank format）文件的文件扩展名之一。PDB 格式文件用于存储蛋白质、核酸等生物大分子的三维结构信息，通常通过实验方法（如 X 射线晶体学、核磁共振 NMR 或电子显微镜）解析获得。.ent 扩展名并不影响文件的格式和内容，与常见的 .pdb 文件内容完全一致。