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wordpress extended rss,整站seo排名,佛教手机网站大全,设计师新手接单网站R包的安装方式可以归纳为 源代码安装 和 二进制文件安装 两类: 源代码安装 是指从包的源代码进行编译安装。包括:① 通过CRAN安装源代码版本的包(如果没有二进制版本,或者指定了安装源代码)。② 从GitHub、Bioconducto…

R包的安装方式可以归纳为 源代码安装二进制文件安装 两类: 源代码安装 是指从包的源代码进行编译安装。包括:① 通过CRAN安装源代码版本的包(如果没有二进制版本,或者指定了安装源代码)。② 从GitHub、Bioconductor等平台获取源码并安装。③ 本地源码包的安装。 二进制文件安装 是指直接安装编译好的包,无需编译。这种方式通常更快,特别是在Windows和macOS上。包括:① 通过CRAN直接下载并安装预编译的二进制包。② 安装本地的二进制包文件。

安装过程中任意一个环节出错都会安装失败,具体失败原因查看报错内容!!!因此掌握R包安装过程并学会查看报错内容是自己解决环境问题的不二法门。

R 包编译流程

R 编译包的过程涉及多个步骤,包括配置、编译源代码、链接库以及安装包。R 包可以包含纯 R 代码、C/C++、Fortran 等多种语言的代码,编译过程视具体情况而定。以下是 R 编译包的具体流程和各个步骤的详细解释:

1. 准备工作

  • 包源代码通常打包成 .tar.gz 格式,包含 DESCRIPTION 文件、R 脚本文件(通常位于 R/ 目录)、文档(man/)、示例代码(tests/examples/)、源代码(src/ 目录)以及其他辅助文件。
  • R 包的源代码可以通过 R CMD build 生成。

2. R 包安装流程

安装一个 R 包的常见命令是:

R CMD INSTALL <package_name>.tar.gz

R 在安装包时会按照以下步骤进行

3. 解压包并检查 DESCRIPTION 文件

  • 解压缩: R 首先解压 .tar.gz 文件,检查 DESCRIPTION 文件中的元数据,例如包名、版本、依赖关系等。
  • 依赖检查: 如果包有依赖项,R 会检查是否满足依赖条件,未满足时会尝试安装所需依赖包。

4. 配置(Configure Phase)

  • R 包可能包含一个 configure 脚本(类似于 GNU 编译工具链),它会在编译前执行,用于检查目标系统上是否有合适的工具链和库(例如 gcc, g++, make,以及其他外部依赖),比如使用 pkg-config 工具去查找库路径、PKG_CFLAGPKG_LIBS等。
  • 如果 configure 脚本找到需要的库或编译工具,它会生成 Makevars 文件,包含库路径、编译选项和标志。
  • 这个阶段允许用户自定义编译选项,例如通过设置 PKG_LIBSPKG_CPPFLAGS 等环境变量来指定头文件和库的路径。
  • 以下为安装rjava包时计算机未安装java导致的配置报错

ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
removing ‘/root/anaconda3/envs/myview/lib/R/library/rJava’

5. 编译(Compilation Phase)

  • 纯 R 代码: 如果包中只有 R 代码,R 不需要编译,只需检查并解析代码即可。
  • C/C++/Fortran 代码:
    • R 会根据 src/ 目录下的文件,调用系统的编译器(如 gcc, g++, gfortran)来编译源代码。R 使用 Makevars 文件或包中的 Makefile 来控制编译过程。
    • 头文件路径和编译标志通过 PKG_CPPFLAGSPKG_CFLAGS 来指定,例如:
      PKG_CPPFLAGS = -I/usr/local/include
      
    • 链接阶段使用 PKG_LIBS 指定库路径和库名,例如:
      PKG_LIBS = -L/usr/local/lib -lmylib
      
    • 编译器将 .c.cpp 文件编译为目标文件(.o 文件)。

6. 链接(Linking Phase)

  • 在编译完成后,R 会调用链接器将生成的目标文件(.o 文件)与外部库进行链接,生成共享对象文件(.so)。
  • 这些 .so 文件是可以被 R 动态加载的,允许 R 通过 .Call().C() 等函数与本地代码进行交互。

7. 安装(Installation Phase)

  • 一旦编译和链接完成,R 会将编译生成的二进制文件、R 脚本文件、文档等按照目录结构安装到用户的 R 库路径中。安装路径通常在 .libPaths() 所列的目录中。
  • 如果包有动态链接的共享库(如 .so 文件),R 会在加载包时通过系统的动态链接器找到并加载这些库。

8. 后续步骤

  • 字节码编译(可选): R 会将 R 脚本字节码编译为 .rds 文件以加快加载速度。
  • 文档生成: R 还会自动处理包中的文档文件(man/),使用 roxygen2Rd 格式生成帮助文档。
  • Vignettes 编译: 如果包包含 vignettes,R 会调用 Sweave 或 knitr 编译 vignettes 为可读的 PDF 或 HTML 文件。

9. 清理(Optional Clean Up)

  • R 安装包后,临时文件(如中间生成的 .o 文件和未使用的临时文件)会被删除,除非在安装时使用 --no-clean-on-error 选项保留这些文件以便调试。

10. 加载包

  • 完成安装后,用户可以通过 library()require() 加载包,R 会通过动态链接器加载所需的动态库,并运行包中的初始化代码(如果有)。

举例:一个包含 C 代码的 R 包编译过程

假设一个包包含 src/ 目录下的 C 代码文件 mylib.c

  1. 解压 .tar.gz 并读取 DESCRIPTION 文件。
  2. 执行 configure,根据需要生成 Makevars 文件,指定编译和链接选项。
  3. 调用 gcc 编译 mylib.cmylib.o
    gcc -I/path/to/R/include -I/usr/local/include -c mylib.c -o mylib.o
    
  4. 链接 mylib.o 生成共享对象文件:
    gcc -shared -o mylib.so mylib.o -L/usr/local/lib -lmylib
    
  5. 将生成的 mylib.so 以及其他文件安装到 R 包库路径中
    完成编译和链接后,R 会将 mylib.so 文件和其他必要的文件(如 R 脚本、文档等)安装到 R 包的库路径中,这个路径通常是 .libPaths() 所列的目录。
  6. 用户通过 library(mypackage) 加载包完成安装后,用户可以通过以下命令加载包:
    library(mypackage)
    

总结

  • R 包编译过程 包含配置、编译源代码、链接库、安装等多个步骤。每个步骤都依赖于包的内容(是否有 C/C++ 代码、外部库依赖等)。
  • 编译时的控制:通过 PKG_CPPFLAGS 指定头文件路径,通过 PKG_LIBS 指定库文件路径和库名。动态链接器不会在编译时使用 LD_LIBRARY_PATH,它仅用于运行时查找共享库。
http://www.hengruixuexiao.com/news/29421.html

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